Depois de visitar o Mosteiro dos Jerónimos, Bento XVI seguiu no papamóvel em direcção ao Palácio de Belém, um pouco mais tarde do que o previsto, e com "marcha de continência" da GNR. A chegada a Belém era esperada às 13h30, onde é esperado para uma visita de cortesia, pelo Presidente da República e pela primeira-dama, Maria Cavaco Silva. 
Num curto discurso na visita de cortesia ao Palácio de Belém, Bento XVI saudou o pessoal da Presidência da República desejando o "melhor êxito nas respectivas funções."
"Queira o bom Deus do Céu abençoar-vos e fortalecer-vos para poderdes favorecer no centenário da República Portuguesa uma sociedade mais justa e um futuro melhor para todos."

O encontro de alguns minutos ficou marcado pela fotografia oficial e por uma troca de presentes entre o Papa e o Presidente da República, e também pela assinatura de um livro de honra, assinado por Bento XVI, já com óculos na cara, de escreveu em português: "No centenário da república um cumprimento especial ao portugal cristão".

Na sala dourada, a família de Cavaco Silva - filhos e netos - foram apresentados a Bento XVI, que abençoou, de seguida, os funcionários do Palácio de Belém e os seus familiares.