O Presidente da República, Cavaco Silva, considera que "as instituições até este momento funcionaram, foi ordenado um inquérito, agora aberto um processo disciplinar." Cavaco espara ainda que as instituições "continuem a funcionar por forma a prestigiar o país. E a quem compete tomar decisões que tome as decisões correctas de acordo com os superiores interesses do nosso país."

Quando questionado sobre a manutenção de Lopes da Mota no cargo de presidente do Eurojust, Cavaco Silva preferiu não tecer qualquer comentário pois o caso está já a ser utilizado no combate político-partidário