Segundo um estudo encomendado pela Comissão Europeia ao Instituto Superior de Economia e Gestão (ISEG), o Ensino Superior público em Portugal é considerado um dos mais ineficientes do mundo Ocidental, a par com os EUA.  O trabalho avalia o grupo de países da União Europeia, o Japão e os EUA, em dois períodos: de 1998 a 2001 e de 2002 a 2005.
As conclusões do documento do ISEG, apresentadas pelo” Jornal de Negócios”, mostram que as universidades e politécnicos portugueses não aplicaram acertadamente as verbas do Governo. Isto é, praticamente metade do investimento (mais precisamente 48,6%) teria sido suficiente para o Ensino Superior (ES) português formar o mesmo número de alunos e publicar a mesma quantidade de artigos científicos, durante o período em análise. Portugal, devia por isso, ter produzido três vezes mais com o mesmo dinheiro.
O ISEG lembra, ainda, que em 2010 a eficência no ensino será beneficiada se as instituições forem mais autónomas nas contratações e negociação das condições salariais.