Entre 1997 e 1999 foram gastos com cartões de crédito da Universidade Moderna (UM) mais de 173 mil contos (862 920 euros). Só José Braga Gonçalves teria gasto 58 mil. O caso Moderna rebentou em 1999 e sentou 13 arguidos no banco dos réus, acusados de associação criminosa, gestão danosa, burla, falsificação de documentos, corrupção e apropriação ilícita. Em Janeiro de 1999, Esmeraldo Azevedo - vice-reitor da UM, presidente da cooperativa Dinensino (empresa proprietária da instituição) e afastado do cargo pela família Gonçalves -, apresentou uma queixa-crime na Procuradoria-Geral da República (PGR) por alegada gestão danosa da cooperativa. A denúncia deu origem a várias investigações. Em causa estariam 2 milhões de contos desaparecidos dos cofres da Dinensino. A PJ seguiu o rasto ao dinheiro e encontrou empresas em off-shores, operações de branqueamento e desvio de dinheiro. Seguiram-se outras investigações, centradas em actividades ilícitas de colombianos e russos em Portugal, relacionadas com o crime organizado e redes de prostituição e tráfico de droga.

Um mês depois, a manchete do "Diário de Notícias" lançou a polémica: "Polícias investigam Universidade Moderna." O jornal garantia que os Serviços de Informações de Segurança (SIS), a Polícia Judiciária e a PGR tinham em mãos relatórios e inquéritos sobre ligações entre a UM e a Maçonaria Regular. No final de 2006 chegam notícias de cisão na Maçonaria. Nandim de Carvalho era grão-mestre na Grande Loja Regular de Portugal e foi destituído do cargo. A decisão terá sido tomada por José Braga Gonçalves, filho do reitor da Moderna, e o antigo cavaleiro tauromáquico José João Zoio. Em Fevereiro de 1997 explode uma bomba à porta da casa de José Braga Gonçalves. A PJ começa a investigar escutas ilegais em gabinetes da universidade.

Em Fevereiro de 1995, o jornal "Público" já falava de relações de conivência entre a Câmara de Lisboa e a UM. A autarquia teria fechado os olhos à licença camarária necessária para realizar várias construções. Três anos depois, em 1998, o "Público" noticiava a realização de obras da Moderna em terrenos camarários, contrários aos planos existentes na zona. As suspeitas foram sempre negadas. As irregularidades apareceram em catadupa, desde pagamentos ilegais a professores ao recurso a empréstimos bancários e ao leasing para compra de carros que estariam a ser usados por pessoas externas à instituição ou ligadas à Dinensino. Na lista de pagamentos figuravam os nomes de Paulo Portas e Pedro Santana Lopes, que tinham ligações ao centro de sondagens da instituição. Além de pagamentos mensais, teriam recebido dois Mercedes.

Entretanto, o Ministério da Educação decidiu suspender o pagamento à Moderna por causa de "um atraso na prestação de contas". A Dinensino, noticiou mais tarde o "Diário de Notícias", não pagava ao fisco desde 1996 e teria gasto 230 mil contos na compra de carros só em 1996 e 1997, apesar de o seu parque automóvel não ultrapassar uma dezena de viaturas. Apesar disso, a Dinensino teria dívidas de mais de 2 milhões de contos à banca. Em causa estariam ainda milhares de contos em viagens de elementos que não pertenciam à Moderna. Depois as contas na Suíça: ex-dirigentes e actuais da Dinensino teriam várias contas naquele país, através da quais terão chegado a Portugal cerca de 2 milhões de contos.

Esses montantes, suspeitava-se, poderiam ter sido usados em avultados investimentos feitos pela Moderna. A direcção da Dinensino acabaria por demitir o reitor e o filho. O principal arguido, José Braga Gonçalves, foi condenado a uma pena de prisão de sete anos e meio. Saiu em liberdade condicional, depois de ter cumprido mais de metade do tempo. Foi o único dos arguidos a cumprir prisão efectiva.